Visto como tabu pelo Vaticano, em 28 de dezembro de 1993 o Estado de Israel foi reconhecido pela Santa Sé no pontificado de João Paulo II. Depois de prometer contribuir para a resolução dos problemas do local, ele foi o primeiro papa a entrar em uma sinagoga.

Durante sua ida ao país, houve outras atitudes importantes para a relação diplomática entre Israel e o Vaticano: o Papa visitou a Yad Vashem, o Museu do Holocausto e o Muro das Lamentações. Em outra ocasião, João Paulo II pediu perdão, em nome da Igreja Católica, pelas perseguições ao povo judeu durante a Segunda Guerra Mundial.