Phnom Penh foi fundada no século XIV e tornou-se capital do Camboja em 1867. O centro comercial e cultural, bem como a capital política do Camboja foram duramente castigados pela guerra civil de 1970, entre forças do governo e o Khmer Vermelho, comunistas cambojanos.

Ajudados pelos vietcongs, as tropas do Khmer Vermelho insurgiram contra as forças do governo, em 1970, ganhando rapidamente o controle de mais de dois terços do país. Em 1975 o movimento, dirigido por Pol Pot, derrotou o governo cambojano, estabelecendo "Kampuchea Democrático".

O novo governo executou um programa radical, fechando escolas e fábricas, enviando a população urbana para fazendas coletivas e provocando a morte de milhares de pessoas. Em 1979, depois de uma tensão com o Vietnã, as tropas vietnamitas invadem o país, ajudando uma facção comunista rival a depor o Khmer Vermelho do poder.