Situada na parte oeste da ilha de São Vicente, no atual estado de São Paulo, a vila foi fundada pelo fidalgo português Martim Afonso de Sousa.

Em 1530, ele chefiou uma expedição com o intuito de explorar a nova colônia portuguesa, percorrendo todo o litoral atlântico até o Rio da Prata. Como recompensa, foi nomeado pelo rei Dom João III como donatário da Capitania de São Vicente. Nos tempos da fundação da vila, a região era dominada por grupos tupis, majoritariamente tamoios, os quais mantiveram uma convivência pacífica com os portugueses.

Na nova cidade, Martim Afonso instalou um pelourinho, uma igreja, uma câmara e engenhos para a manufatura do açúcar. Além do plantio da cana, desenvolveu-se também a agricultura de subsistência e a pecuária. A vila, por suas características geográficas, tornou-se um eficiente ponto de parada para o reabastecimento dos navios e para o tráfico de escravos índios.

De lá também saíram as primeiras expedições para o interior, inclusive a que fundou a cidade de São Paulo. O nome São Vicente, herdado da ilha onde a vila se localiza, foi dado pela expedição de Gaspar de Lemos, em 1502, em homenagem a São Vicente Mártir.