Através do Alvará Régio de 3 de setembro de 1759, o Rei D. José I de Portugal determinou a expulsão dos jesuítas de todos os domínios portugueses, confiscando seus bens e os incorporando-os ao erário real.

Essa medida teve grande influência do então primeiro-ministro português Marquês de Pombal, que se empenhava no fortalecimento do Absolutismo Régio. Dominando o sistema de ensino na metrópole e nas colônias e estando especialmente vinculada à Roma, a Companhia de Jesus era vista como uma ameaça para o Estado centralizado que ambicionava controlar todos os aspectos da vida social. Além disso, era grande o interesse pelo considerável patrimônio dos Jesuítas.

A campanha de Pombal contra a Companhia foi baseada nas acusações de que esta desrespeitava as fronteiras delimitadas pelo Tratado de Madri, se opunha às leis que regulavam a administração das aldeias indígenas, praticava atividades comerciais proibidas a religiosos, difamava o rei no estrangeiro e agia como um poder autônomo dentro do Estado português. Além da expulsão dos Jesuítas, que resultou na deportação de inúmeros religiosos para os Estados Pontifícios e na prisão de tantos outros em Lisboa, Pombal diminuiu o poder da Igreja, subordinando o Tribunal do Santo Ofício ao Estado.